Prvi početci skupljanja muzejske građe i predmeta na benkovačkom području započinju još krajem 19. st kada su velikaške benkovačke obitelji (Novakovići, Jurković) u skladu s duhom tadašnje Europe prikupljale arheološku i etno građu kao kolekcionari za privatne zbirke.
Obnovom Kaštela Benković 1977. g. pri Narodnom sveučilištu Benkovac u prostorima samog kaštela započela je s djelovanjem mala zavičajna zbirka koja je nastala zahvaljujući nekolicini entuzijasta koji su svoje kolekcije predali kao temelj za osnivanje Zavičajnog muzeja benkovačkog kraja, što je prvi zapis postojanja muzejske djelatnosti u Benkovcu.
Zavičajni muzej Benkovac osnovan je 1983. g., tada u sastavu Narodnog sveučilišta Benkovac. Muzej se bavio prikupljanjem arheološke, etnološke te kulturno povijesne građe sa šireg benkovačkog područja. Prema podatcima koji su sačuvani prije Domovinskog rata muzej je imao bogatu arheološku zbirku sa preko 15000 predmeta, etnološku zbirku sa oko 150 predmeta, kulturno-povijesnu zbirku, kao i zbirku fotografija, razglednica, te bogatu knjižnicu. Bio je uređen arheološki postav muzeja, djelomično etno postav te se dalje radilo na obradi i prikupljanju građe s brojnih lokaliteta benkovačkog kraja.
Djelovanje muzeja, prekinuto Domovinskim ratom 1991.-1995. (kad je nestao dio muzejske građe, a inventarne knjige i dio dokumentacije o građi je potpuno nestao) nastavljeno je 1996. g. u sklopu Arheološkog muzeja iz Zadra. Dio etnografske građe sklonjen je nakon "Oluje" u Zavičajni muzej u Biogradu na Moru, a arheološke građe u Arheološki muzej Zadar. U prosincu 2010. g. nakon dugih 15. godina veliki dio arheološke građe skupa s dokumentacijom vraćen je iz Arheološkog muzeja Zadar, kao i cjelokupna etnografska zbirka koja je vraćena iz Zavičajnog muzeja Biograd.
Od 2007. g. Zavičajni muzej Benkovac djeluje kao samostalna ustanova čiji je osnivač Grad Benkovac. Sredstva za rad Muzeja osigurava Grad Benkovac u svom proračunu. Djelokrug djelovanja Zavičajnog muzeja Benkovac odnosi se na prostor bivše općine Benkovac.
Kako su ratna stradanja i zub vremena učinila štetu na građi i djelomično na samom objektu (Kaštel Benković iz 15. st. – zaštićeni spomenik kulture od nacionalne važnosti) uz potporu Grada Benkovca i Ministarstva kulture Republike Hrvatske, a u suradnji s konzervatorima i MDC-om, u izradi je izvedbeni projekt uređenja Zavičajnog muzeja Benkovac kojim se planira napraviti novi prostorni raspored, te građevinski urediti radni prostor. Paralelno se izrađuje muzeološka koncepcija i sukladno njoj urediti će se sklop kaštela Benković kao ishodišna točka za upoznavanje prošlosti benkovačkog kraja i mjesto gdje bi se dobile sve informacije za samostalno istraživanje bogatih spomenika kulturno-povijesne baštine.